紧接第一季结局,地下反抗军成功营救出被关押的变异人,却陷入了更危险的境地:政府派出一支特种小队追杀他们,而这支小队的成员全是通过药物强行激活能力的“后天变异人”。每一集都从双方视角展开:反抗军为自由而战,特种小队则被植入虚假记忆,以为自己在清除恐怖分子。当两位女主角——自然变异人玛雅和药物变异人凯特——在一次正面交锋中发现彼此拥有完全相同的胎记时,一个惊人的真相浮出水面:她们是被拆散的双胞胎,而整场战争是某个财团为了测试基因武器而设计的真人棋盘。