清末,黄飞鸿携十三姨来到广州参加医学会议。此时白莲教借“扶清灭洋”之名四处作乱,火烧洋人教堂、杀害西医。黄飞鸿出手救下一名英国领事馆的翻译——孙中山革命党成员陆皓东。清廷命提督纳兰元述捉拿“乱党”,元述曾是黄飞鸿好友,两人被迫对立。黄飞鸿不仅要面对白莲教妖术,还要与纳兰元述展开一场棍法巅峰对决。最终他掩护陆皓东逃往香港,自己则继续踏上行医救国的道路。