1519年,达芬奇临终前将笔记交给最爱的学徒梅尔齐,嘱咐“七本合一,方见真实”。五百年后,年轻艺术史博士索菲获得其中一本失窃笔记,发现里面除了机械图,还夹带用镜像书写的密文。破译后竟是一个坐标和拉丁语短语“基督之妻”。索菲联手密码学家、跨性别历史学者,周游欧洲追寻其余六本笔记。教会派人追杀,因为笔记暗示达芬奇可能证实抹大拉的玛利亚是耶稣妻子,并有DNA证据保存在某教堂。最终七本笔记合成一张地图,指向的却是达芬奇的秘密墓穴。里面没有证据,只有一句话:“你们寻找的神,就在你们心中。”索菲决定公开所有笔记,不论教会压力。